Esta especie fue descrita por primera vez por Marmaduke Tunstall en su Ornithologia Britannica de 1771 bajo su actual nomenclatura binominal. El nombre científico Falco peregrinus, significa «halcón viajero» o «halcón nómada» en latín. En efecto, el nombre común de la especie se refiere a sus hábitos migratorios en la mayor parte de idiomas europeos. El término latino para halcón, falco, está relacionado con falx, que en latín significa hoz, en referencia a la silueta de las alas largas y puntiagudas del halcón en vuelo.
El halcón peregrino pertenece a un género cuya ascendencia incluye el subgénero Hierofalco[18] y el halcón mejicano (F. mexicanus). Este linaje probablemente divergió de otros halcones hacia el final del Mioceno Superior o el Mioceno Temprano, hace aproximadamente 8-5 millones de años. Como el grupo peregrino-hierohalcón incluye tanto a especies del viejo continente como de América del Norte, es probable que el linaje provenga de Eurasia occidental o África. Su relación con otros halcones no está clara; la cuestión es complicada por la extensa hibridación que confunde los análisis de secuencia de ADN mitocondrial.
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